在镇上的教堂内，哈里遇到了整个事件的元凶达丽娅，她给了哈里一个名为Flauros的神秘道具，说是能帮助哈里驱逐邪恶力量。并且声称谢瑞尔已经被里世界所吞噬，哈里必须深入到黑暗的里世界才能找到自己的爱女。由于过分担心女儿现在的安全，哈里完全听信了达丽娅的谎言，被她利用。随后在医院的表里世界分别遇到了考夫曼医生和丽莎护士，得知当年丽莎护士因为把女婴偷走，考夫曼医生知道后将她杀害的事情。另外，哈里还找到了考夫曼医生隐藏的神秘药水Aglaophotis，它是从稀有的红色草本植物中提炼出来的，据说可以驱赶恶魔。在游乐场旋转木马处，利用这种红色药水驱赶出希贝尔身上附着的灵魂，也就是先前大火中逃逸的另一部分艾丽莎灵魂，达丽娅趁机抓走了艾丽莎灵魂。此时的哈里才知道自己一直被达里娅利用。为了再次举行仪式，达里娅必须找齐所有分散的艾丽莎灵魂，而艾丽莎为了保护自己，创造了里世界躲避母亲的迫害，并把一部分灵魂深藏在里面，达里娅利用哈里寻女心切的弱点，让其进入里世界找到了那一部分灵魂。知道事情真相的哈里急忙赶到最终祭坛，但一切都已经太晚了，仪式将谢瑞尔肉体和艾丽莎灵魂合为一体，形成了完全体------白衣女子艾丽莎，达里娅称之为Mother of God。此时考夫曼医生也赶到了，因为之前他和达里娅有一个秘密协议，利用他自身的医学常识帮助达里娅提炼能麻痹人神经的药物White Claudia，借助这种药物控制小镇的居民，使教会从新在小镇中取得统治权，然后一起分享权利和Samael的力量，但达里娅并没有履行承诺，所以考夫曼医生将暗中准备的驱魔液体Aglaophotis倒在了白衣女子身上，将其身体里的怪物逼了出来，进行报复。但被考夫曼杀害而长期被困在里世界医院的丽莎也随后出现，报复性的将考夫曼也拖入了里世界的黑暗世界里。脱离母体的怪物在哈里的强力武器招呼下，不久便被哈里击败。此时的艾丽莎已经筋疲力尽，临死前将转生的女婴交给了哈里，并帮助哈里和希贝尔逃离了寂静岭。（注：以上内容因为需要，有一部分结合了3代的资料）
《寂静岭》1代将Silent Hill这个小镇介绍给所有玩家认识，还将所谓的Samael教摆在了各位玩家面前，但对Samael教的教义和背景却介绍的很少，只是让玩家初窥其貌。关于Samael教到底是什么性质的教会？Mother of God到底是什么？为什么艾丽莎必须烧死才能召唤Samael？艾丽莎创造的里世界到底是什么？等等，太多的疑问没有在游戏中找到答案。而最终哈里带出来转生之婴，更是制作人员留下的一大伏笔。故事肯定还会继续，因为玩家们都期待1代所留下的疑问能够在2代中得到合理的解释，KONAMI在1代的基础上也有很多发挥空间可以利用，2代的出现也成了理所当然的事情。直到2001年9月25号，《寂静岭2》终于面世了，但也让所有玩家吃了一惊
在此期间，海瑟还遇到了教会的“智囊”文森特（Vincent），在他的出谋划策下，教会日益壮大，有了自己的教堂和隶属于教会的慈善机构孤儿院（Silent hill Smile Support Society简称4S）。他是教会的功臣，但与克劳蒂娅的观点相反，他非常崇尚拜金主义，虽然也非常信奉神的存在，但主要是借助教会之名收敛钱财，他认为神降临后创建了天堂，就不能满足他的金钱欲望了，所以千方百计的破坏仪式的举行。还利用海瑟去医院找克劳蒂娅那个已经变成怪物的父亲雷纳德（Leonard），如果海瑟死了就可以直接破坏仪式，如果雷纳德死了，就可以获得The Seal Of Metatron，利用这个封印去和克劳蒂娅对抗（1代的艾丽莎就是用它与母亲达里娅抗衡的）。
随着海瑟在寂静岭四处找寻克劳蒂娅踪影，她还得知了克劳蒂娅另一个可怕的阴谋。克劳蒂娅杀了哈里，是为了使海瑟心中充满杀父仇恨，并且制造幻象使海瑟眼中把大量的教徒看成怪物，从而在不断的撕杀中激发海瑟内心的杀戮感，使海瑟体内的“神”得到良好的生长环境。克劳蒂娅认为，在血腥和仇恨中诞生的“神”绝对是最强大最完美的。了解克劳蒂娅阴谋的海瑟最终在教堂遇到了这个“虔诚”的教徒，文森特的如意算盘并没有奏效，封印没能够阻止仪式，克劳蒂娅也一刀解决了这个教会的叛徒。海瑟突然想起了父亲留给她的项链里的一颗红色药丸Aglaophotis-----1代最终逼出怪物的驱魔圣物，吃下它的海瑟吐出了一个蠕虫状的怪物-----所谓中“神”的本体，海瑟正想一脚踩死它，疯狂的克劳蒂娅将其吞食到自己的体内，但由于她不是真正的Mother of God的母体，所以变成了一个畸形的怪物，很快就被海瑟消灭了。
2004年6月17号，也许是KONAMI太急于求成了，系列2年一作的惯例被打破了，仅仅隔了3代才1年的时间，4代就匆匆和玩家们见面了，不得不让人怀疑其品质是否会下降。也正如玩家们所预料的那样，4代带给玩家们太多的失望和抱怨。画面方面变的实在太明亮太干净了，完全失去了寂静岭系列昏暗不清的视线特色，加上收音机和电筒的取消，让人的心情“豁然开朗”。前几作因为大雾和黑暗使可视范围非常有限，导致看不见周围的情况，再加上收音机发出的嘈杂声音搞的心烦意乱，长期心理压抑的感觉，在本作中已经荡然无存。迷题的设置更是大副缩水，全是过场式的迷题，晦涩但耐人寻味的迷题没有了，而2，3代饱受好评的迷题难度分离的方法也取消了。新增的携带道具数量的限定系统虽然使游戏进行时需要一定的策略性，但是每个场景的道具数量和可携带数量比例太大，尤其同一种道具分离摆放让人非常恼火，往往需要反复的回家，网上论坛的玩家甚至戏称其副标题应该叫“常回家看看”。游戏中的男主角亨利完全成了可有可无的角色，是整个系列最没有特色的角色，在整个游戏里说的话超不过20句，而且大多是重复的话，说的好听点他是带动整个游戏的线索，说的难听点他就象电影里跑龙套的角色，而反派角色沃尔特-苏立文的形象塑造反而是最突出的。好了，先说这么多吧，虽然是缺点，但可以看的出KONAMI正在尝试创新，毕竟系列每一作都按一个模式反复进行游戏，玩家总会有厌倦的一天。4代还是有不少可圈可点的优点的，剧情还是一如既往的精彩，竟然把2代仅仅在报纸里出现的一个“不起眼”的名字---沃尔特-苏立文，担当游戏的大反派，又加入3代中隶属于教会的慈善机构孤儿院（Silent hill Smile Support Society简称4S），其中的“21圣母降临”仪式还和2代Rebirth Ending结局所需要达到的条件相似，可谓是横穿了整部系列的一作，但之间的联系也仅此而已。